马永生在地大一直坚持在科研生产第一线，在深入实地科学探索16年，取得南方海相油气复杂成藏规律性认识，提出勘探理论和方法的重大创新，成功指导深层、超深层勘探实践，发现了建国50年以来久攻不下的海相大气田——普光气田，已探明储量3561亿立方米，总价值1801亿元，2010预计将形成超百亿立方米的天然气产能，为川气东送工程和我国海相油气勘探事业作出了卓越贡献。获国家科技进步一等奖1项（第1名），省部级一等奖4项。获何梁何利科技成就奖和李四光科学奖，享受国务院特殊津贴。出版专著4部，发表论文89篇。